Akashi Eito baru saja menelan kegagalan total di semua ujian masuk SMA, namun entah bagaimana ia menerima surat penerimaan dari sebuah sekolah yang tak pernah ia lamar sama sekali. Tanpa ragu, Eito mendaftar dengan harapan bisa menjalani kehidupan sekolah impian—penuh teman, klub, dan momen-momen seru—namun semua harapannya hancur seketika ketika ia menyadari bahwa sekolah misterius itu ternyata adalah akademi pelatihan agen rahasia! Sialnya, alih-alih menikmati hari-hari santai bersama keluarga biasa, ia kini disodori misi‑misi berbahaya yang tak terduga.
Eito sempat bertekad pulang dan kembali ke kehidupan normal bersama orang tuanya, sampai sang direktur mengungkapkan fakta mengejutkan: ayahnya yang sudah tiada dulunya juga adalah agen rahasia! Siapa sangka, di balik kenangan samar tentang sang ayah, tersimpan jejak-jejak spionase yang kini memanggil Eito untuk menelusuri masa lalu sang pahlawan. Karena penasaran dan ingin mengisi kekosongan ingatan itu, ia memutuskan tetap tinggal di akademi, meski harus menelan ujian mematikan yang dirancang khusus untuk menguji kemampuan setiap siswa baru.
Ikuti rangkaian aksi dan intrik spionase yang penuh ketegangan, di mana sang protagonis yang lemah secara fisik menebus kekurangannya dengan keberanian yang membara, menjadikan keberanian dan persahabatan sebagai kartu andalannya, serta memukau semua orang di sekitarnya. Tanpa tanding, Eito berjuang mengubah nasibnya, mengukir jejak menjadi terlegenda di dunia rahasia yang tak pernah ia bayangkan sebelumnya.
